Le nom Doué, du latin Dolo ou d’une racine gauloise, est attesté depuis l’Antiquité tardive dans le Saumurois; en-Anjou a été ajouté lors de la fusion pour souligner l’appartenance de cette ville à l’Anjou historique et la distinguer d’autres communes homonymes.
Les deux églises de Doué-en-Anjou, dont l’église Saint-Denis classée monument historique avec ses cryptes carolingiennes du IXe siècle, font de cette ville une étape majeure du patrimoine religieux du Saumurois; les cryptes de Saint-Denis, l’un des ensembles cryptaux les mieux conservés de France, témoignent de l’ancienneté de la vie chrétienne dans ce territoire anjouvin.