Le nom de Bondoufle dérive d’un anthroponyme médiéval, peut-être d’un certain Bon Doufle ou d’un terme d’origine obscure. L’ancienne commune rurale fut transformée par l’urbanisation massive des années 1970.
L’église paroissiale de Bondoufle, édifice contemporain, dessert une population résidentielle en développement. Elle appartient au réseau paroissial de l’agglomération d’Évry-Courcouronnes dans le diocèse d’Évry-Corbeil-Essonnes.