Le nom Coubon, d’origine médiévale, est probablement issu d’un nom de propriétaire ou d’un terme local désignant une courbe ou un méandre de la Loire dans cette vallée encaissée.
L’église de Coubon dessert cette commune de la banlieue du Puy-en-Velay, dont les habitants sont proches des sites de pèlerinage de la préfecture, notamment la cathédrale Notre-Dame et la chapelle Saint-Michel d’Aiguilhe.