Le nom Gilly est d’origine gallo-romaine, peut-être dérivé d’un anthroponyme latin, Gilliacum ou similaire. La précision sur-Isère souligne le lien de la commune avec le fleuve qui structure la Combe de Savoie.
L’église paroissiale est l’édifice central de ce village vigneron, dans un terroir alpin où les vins de la Combe de Savoie et la tradition catholique savoyarde sont étroitement associés depuis les moines médiévaux.