Le nom associe « Saint-Genest », référence au martyr Genès d’Arles, à « Malifaux », terme médiéval désignant probablement des faux ou de mauvaises terres (latin « mala falx »), attestant des conditions agricoles difficiles sur ce plateau du Pilat.
L’église paroissiale de Saint-Genest-Malifaux, implantée dans ce bourg de montagne du Pilat, assure le service religieux de cette commune d’altitude. La paroisse accueille les fidèles de ce secteur du parc naturel régional du Pilat.