Ennery est issu d’un nom de domaine gallo-romain *Aineriacum ou *Hennericiacum, formé sur un anthroponyme germanique Aineric ou Hainricus avec le suffixe -acum. Ce type de formation toponymique est caractéristique de l’Île-de-France, où la terminaison -y ou -ry correspond souvent à un domaine d’origine mérovingienne ou carolingienne.