Saint-Hilaire honore Hilaire de Poitiers, théologien du IVe siècle et défenseur de l’orthodoxie contre l’arianisme. Le qualificatif « de-Clisson » situe la commune dans la zone d’influence de Clisson et de son vignoble.
L’église paroissiale dédiée à saint Hilaire est le centre religieux de cette commune viticole du bocage nantais méridional.