Saint-Jean honore l’apôtre Jean, évangéliste et théologien. Le qualificatif « de Boiseau » rappelle la présence d’un bois ou d’une forêt qui caractérisait le territoire avant l’urbanisation. La commune appartient à la rive gauche de la Loire en aval de Nantes.
L’église paroissiale dédiée à saint Jean est le centre religieux de cette commune résidentielle de la rive gauche nantaise, intégrée dans le diocèse de Nantes.