Saint-Mars honore peut-être Mars ou Médard. Le qualificatif « du-Désert » rappelle un ancien lieu isolé ou inculte, en contraste avec l’urbanisation actuelle de la commune. La commune appartient au nord-est de Nantes Métropole.
L’église paroissiale de Saint-Mars-du-Désert est le centre religieux de cette commune résidentielle de la banlieue nantaise, intégrée dans la pastorale diocésaine.